獸藥殘留是“獸藥在動物源性食品中的殘留”的簡稱，是指食品動物在使用獸藥后蓄積或儲存在細胞、組織或器官內，或進入泌乳動物的乳或產蛋家禽的蛋中的藥物原形及其代謝物。
據公開數據，我國獸藥殘留種類主要是喹諾酮類，氯霉素、硝基呋喃、硝基咪唑等禁用藥物占有較高比例;歐盟獸藥殘留種類則主要為抗菌藥物，磺胺和喹諾酮的比例較高。
一、抗生素類：目前，在畜產品中容易造成殘留量超標的抗生素主要有氯霉素、四環素、土霉素、金霉素等。
二、磺胺類：磺胺類藥物主要通過輸液、口服、創傷外用等用藥方式或作為飼料添加劑而殘留在動物源食品中，容易在豬、禽、牛等動物中發生。
三、激素和β-興奮劑類：在養殖業中常見使用的激素和β-興奮劑類主要有性激素類、皮質激素類和鹽酸克侖特羅等。
許多研究已經表明鹽酸克侖特羅、已烯雌酚等激素類藥物在動物源食品中的殘留超標可極大危害人類健康。其中，鹽酸克侖特羅(瘦肉精)很容易在動物源食品中造成殘留，健康人攝入鹽酸克侖特羅超過20μg就有藥效，5倍～10倍的攝入量則會導致中毒。中國不允許使用“瘦肉精”。
四、其他獸藥：呋喃唑酮和硝呋烯腙常用于豬或雞的飼料中來預防疾病，它們在動物源食品中應為零殘留，即不得檢出，是中國食品動物禁用獸藥。苯并咪唑類能在機體各組織器官中蓄積，并在投藥期，肉、蛋、奶中有較高殘留。
為保障動物源食品安全，農業部歷來十分重視休藥期的管理。養殖過程必須規范使用獸藥，嚴格遵守獸藥休藥期規定。